Une publication de bioinformatique distinguée par le Science Citation Index

L’institut pour l’information scientifique (ISI, Institute for Scientific Information) a distingué un article publié en octobre 2003 dans la revue Systematic Biology. Cet article écrit par deux chercheurs du Laboratoire d’informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier (LIRMM, CNRS/ université Montpellier 2) a été classé comme étant le « Fast Breaking Paper » en écologie et environnement par l’une des dernières parutions de la base de données, Science Citation Index. Cette distinction, très rare, met en valeur une contribution récente ayant particulièrement attiré l’attention de la communauté scientifique.

La mesure de la production scientifique s’établit sur le plan international par l’utilisation de la base de données bibliographiques de l’Institute for Scientific Information (ISI), le Science Citation Index.

Cette base de données répertorie les taux de citations relevés dans les revues scientifiques pour toutes les disciplines. Tous les deux mois, elle effectue automatiquement un classement des articles déjà très cités[1]/> et dont le taux de citations augmente le plus vite. Sur les dizaines de milliers d’articles publiés chaque année, seuls 22 sont distingués dans 22 disciplines différentes, soit au total 132 articles par an. L’article des chercheurs français Stéphane Guindon[2]/> et de Olivier Gascuel[3]/> a été classé comme étant « le Fast Breaking Paper » dans le domaine de l’écologie et de l’environnement. Cette distinction, très rare pour un article français[4]/>, met en valeur une contribution récente ayant particulièrement attiré l’attention de la communauté scientifique. Le décompte et l’analyse quantitative des citations publiées dans les revues scientifiques permettent aux chercheurs de mesurer l’impact de leurs travaux au niveau international.

L’article « A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood » publié en octobre 2003 dans Systematic Biology traite de reconstruction phylogénétique. Celle-ci a  un très large spectre d’applications, allant de l’étude de la biodiversité à la génomique. Les projets d’arbre de la vie, qui se proposent de reconstruire l’évolution de l’ensemble du vivant, donnent à la reconstruction phylogénétique une grande actualité. Les méthodes les plus fiables pour reconstruire des phylogénies sont basées sur une modélisation probabiliste de l’évolution et suivent le principe du maximum de vraisemblance. Les méthodes traditionnelles étaient lentes, ce qui rendait impossibles les études à grandes échelles, alors même que la quantité de séquences biologiques exploitables augmente de manière exponentielle.

L’article présentait un nouvel algorithme qui permet de diminuer d’un ordre de grandeur les temps de calcul. Cet algorithme a donc rendu possible des études qui n’étaient pas réalisables auparavant. Il a été implémenté dans un logiciel convivial, PHYML, développé au LIRMM et distribué librement. Cet algorithme, ou PHYML lui-même, ont également été intégrés dans d’autres approches et d’autres logiciels de bioinformatique. Ceci explique le succès de l’article et de PHYML aujourd’hui.

Pour en savoir plus : « Mathematics of Evolution and Phylogeny », Olivier Gascuel (éditeur scientifique). Oxford University Press, mars 2005.

http://www.lirmm.fr/~w3ifa/MAAS/OUP-Book.html

Notes :
1) L’article choisi fait partie des 1% des articles les plus cités.
2) Doctorant de l’université Montpellier 2
3) Directeur de recherche au CNRS, LIRMM
4) Pour l’année 2004, on trouve trois articles français, un article franco-allemand et cinq articles signés par des consortium importants, impliquant de nombreuses équipes dont une française.

Références :
« A simple, fast, and accurate algparutorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood » par Stéphane Guindon et Olivier Gascuel.
Systematic Biology, octobre 2003.